TMP_DIR=/tmp

INPUT_DIR=.
OUTPUT_DIR=${INPUT_DIR}

REF_DIR=.
REF_EXT_NAME=.fasta
REF_FILE=${REF_NAME}${REF_EXT_NAME}
REF=${REF_DIR}/${REF_FILE}

NAME_1=${NAME}
NAME_2=${NAME}
NAME_3=${NAME}
NAME_4=${NAME}

INPUT_NAME_SEP=_
INPUT_NAME=${NAME}
INPUT_NAME_1=${NAME_1}${INPUT_NAME_SEP}1
INPUT_NAME_2=${NAME_2}${INPUT_NAME_SEP}2
INPUT_NAME_3=${NAME_3}${INPUT_NAME_SEP}3
INPUT_NAME_4=${NAME_4}${INPUT_NAME_SEP}4
OUTPUT_NAME=${NAME}

EXT_PREFIX=
INPUT_EXT_NAME=${EXT_PREFIX}
INPUT_EXT_NAME_1=${EXT_PREFIX}
INPUT_EXT_NAME_2=${EXT_PREFIX}
INPUT_EXT_NAME_3=${EXT_PREFIX}
INPUT_EXT_NAME_4=${EXT_PREFIX}
OUTPUT_EXT_NAME=${EXT_PREFIX}

INPUT_FILE=${INPUT_NAME}${INPUT_EXT_NAME}
INPUT_FILE_1=${INPUT_NAME_1}${INPUT_EXT_NAME}
INPUT_FILE_2=${INPUT_NAME_2}${INPUT_EXT_NAME}
INPUT_FILE_3=${INPUT_NAME_3}${INPUT_EXT_NAME}
INPUT_FILE_4=${INPUT_NAME_4}${INPUT_EXT_NAME}
OUTPUT_FILE=${OUTPUT_NAME}${OUTPUT_EXT_NAME}

INPUT=${INPUT_DIR}/${INPUT_FILE}
INPUT_1=${INPUT_DIR}/${INPUT_FILE_1}
INPUT_2=${INPUT_DIR}/${INPUT_FILE_2}
INPUT_3=${INPUT_DIR}/${INPUT_FILE_3}
INPUT_4=${INPUT_DIR}/${INPUT_FILE_4}
OUTPUT=${OUTPUT_DIR}/${OUTPUT_FILE}
